1091年（寛治5）6月 義家の郎党藤原実清と源義綱の郎党藤原則清が、河内国の所領の領有権を争い、義家・義綱兵を構える事件がおき、京を震撼させた。 弟義綱はその年1091年（寛治5）の正月に、藤原師実が節会に参内する際の行列の前駆を努めた他、翌1092年（寛治6）2月には藤原忠実が春日祭使となって奈良に赴く際の警衛、1093年（寛治7）12月には、源俊房の慶賀の参内の際に前駆を努めるなどが公卿の日記に見えるが、義家の方は1104年まで、そうした活動は記録にない。 1093年（寛治7）10月の除目で、義綱は陸奥守に就任。翌年の1094年（寛治8）には出羽守を襲撃した在地の開拓領主・平師妙（もろたえ）を郎党に追捕させ、従四位上に叙されて官位は兄義家と並び、翌年の1095年（嘉保2）正月の除目で、事実上陸奥よりも格の高い美濃守に就任する。 その美濃における比叡山領荘園との争いで僧侶が死亡したことから、比叡山側は義綱の配流を要求して強訴に及ぶが、関白藤原師通は大和源氏の源頼治と義綱に命じてそれを実力で撃退する。このときも比叡山延暦寺・日吉神社側の神人・大衆に死傷者が出、比叡山側は朝廷を呪詛した。 比叡山は天台密教の総本山であり、呪詛の最大のくりっく365 であって、朝廷にとっては最大の精神的脅威であったと思われる。それに追い打ちをかけたのが、その4年後の1099年（承徳3）6月に、当事者の関白藤原師通が38歳で世を去ったことであり、朝廷は比叡山の呪詛の恐怖におののいた。この件の影響か、このあと義綱が受領に任じられることはなかった。 院昇殿から没まで 後三年の役から10年後の1098年（承徳2）に「今日左府候官奏給云々、是前陸奥守義家朝臣依済舊國公事、除目以前被?（そう）行也（件事依有院御気色也）、左大史廣親候奏」（『中右記』正月23日条）と白河法皇の意向もあり、やっと受領功過定を通って、4月の小除目で正四位下に昇進し、10月には院昇殿を許された。しかし、その白河法皇の強引な引き上げに、当時既に形成されつつあった家格に拘る公卿は反発し、中御門右大臣・藤原宗忠はその日記『中右記』承徳2年10月23日条の裏書きに「義家朝臣は天下第一武勇の士なり。昇殿をゆるさるるに、世人甘心せざるの気あるか。但し言うなかれ」と書く。 1101年（康和3）7月7日、次男対馬守源義親が、鎮西に於い大宰大弐大江匡房に告発され、朝廷は義家に義親召還の命を下す（『殿暦』）。しかし義家がそのために派遣した郎党の首藤資通（山内首藤氏の祖）は1102年（康和4）2月20日、義親とともに義親召問の官吏を殺害してしまう。12月28日ついに朝廷は源義親の隠岐配流を決定する。 その後『中右記』によると、1104年（長治1）10月30日、義家・義綱はそろって延暦寺の悪僧追捕を行っているが、これが義家の最後の公的な活躍となる。 1106年（嘉承1）には別の子の源義国（足利氏の祖）が、叔父の新羅三郎源義光等と常陸国において合戦し、6月10日、常陸合戦で源義家に実子義国を召し進ぜよとの命が下される。義国と争っていた源義光、平重幹等にも捕縛命令が出る。 そうした中で義家は、1106年（嘉承1）7月15日に68歳で没する。その翌日、藤原宗忠はその日記『中右記』に、「武威天下に満つ、誠に是れ大将軍に足る者なり」と追悼する。 その翌年の1107年（嘉承2）12月19日、隠岐に配流されていた源義親が、出雲国目代を殺害、その周辺諸国に義親に同心する動きも現れたため、白河法皇は隣国因幡国の国守であり院近臣でもあった平正盛に義親の追討を命じる。 翌年の1108年（天仁1）1月29日に平正盛は源義親の首級を持って京に凱旋、大々的な凱旋パレードが行われ、平正盛が白河院の爪牙として脚光を浴びる。このパレードに対して、藤原宗忠は『中右記』に「故義家朝臣は年来武者の長者として多く無罪の人を殺すと云々。積悪の余り、遂に子孫に及ぶか」と記す。 戦後初期の義家観 戦後初期の歴史学者の中での通説となったものは、石母田正の『中世的世界の形成』をベースに、古代支配階級である貴族や宗教勢力に対して、新たに発生した在地領主層（封建的農奴主階級）が武装したものが「外国為替 」であり、その新興勢力（武士階級）が、古代支配階級である貴族や宗教勢力を排除し、鎌倉幕府という武士階級を中心とした中世世界をもたらしたという歴史観であった。 当時の学説では「武士」はその在地領主をベースとしたものであり、平将門や藤原秀郷などは学会用語としては「武士」ではなく、その前段階の「兵」（つわもの）といわれていた。両者の違いを、竹内理三は1965年にこのようにも説明している。 「兵と武士の相違を今一度述べれば、兵は所従（従者）を持つが、兵の上に兵は居ない。つまり重層的な階級制が無い。彼らはそれぞれ一個の独立した力量で従者を従えたもので、支配の組織をもっていない。ところが武士となると、その下に郎党があり、さらにその下に郎党があると言う具合に支配関係は重層的であった。（『日本の歴史』第6巻「武士の登場」（中央公論社）」 そうした「重層的な階級制」は、ちょうど義家の頃に見られるようになり、その背景には、地方経済社会での大きな変動、在地での有力者は田堵・負名（公田請作経営者）から在地領主（所領経営者）へと変化があったと考えられている。 そうしたFX の大きな流れの中で、新興勢力・武士階級と古代支配階級の最初の衝突（抑圧）を源義家の中に見ようとする傾向が大勢を占めていた。1966年の安田元久『源義家』（吉川弘文館）もそのような視点から書かれている。 その最初の衝突（抑圧）の具体例としてあげられたのが、後三年の役の勝利にも関わらず恩賞が与えられず、冷遇されたこと、そして義家に対する荘園寄進が禁じられたことなどである。更に、義家の死後の河内源氏の内紛の中で孫の源為義が意図的に取り立てられ、いっそう河内源氏の結束が乱された。更にその為義も冷遇されて一生受領にはなれなかった、などとされた。 白河法皇や摂関家など、CFD の支配者が義家を危険視したという竹内理三、安田元久の論は、当時の国土のほとんどが荘園となっていたという認識を前提としている。そうした状況のなかで、義家はその荘園の最上位の所有者層に割り込み、白河法皇や摂関家など、王家・上級貴族の経済基盤を脅かしたというものである。例えば竹内理三は1965年『武士の登場』の中で、「諸国の百姓から田畑の寄進をうけて貴族と同じ荘園領家化することは、上皇をふくめての貴族層にとってはたえがたいことであった」と説明されている。 その後の荘園史の進展 しかしこの論は、1970年代以降の荘園史研究の進展から、3つの点で見直しが必要とされている。 そのひとつは、網野善彦の1969年「日経225 における荘園制の形成」や石井進の1970年「院政時代」、1978年の「相武の武士団」（『鎌倉武士の実像』に収録）における「太田文」の詳細な研究から、荘園がもっとも盛んに立荘された時期は、12世紀中葉以降の鳥羽・後白河院政期であり、更にその大規模荘園の乱立が完了した13世紀においてさえも、荘園領と国衙領は地方により相違はあるものの、平均すれば6対4とほぼ半々であることが明らかになった。 石井進は1986年4月の「中世の村を歩く−寺院と荘園」（現在『中世の村を歩く』収録）において「摂関時代の成立とともに全国土が荘園となったという従来の説には、とても従えないのである。」と書かれている。 ふたつめは、「貴族と同じ荘園領家化」（石井進）、「上級貴族達と同じように荘園領主」（安田元久）と、荘園支配の階層の最上位に義家がなっていったとみなしていることである。 荘園支配の階層には荘園領主である「本所や領家」、その代官である「預所」、現地での実質支配者で、多くの場合寄進者である「庄司（下司）」の3段階があるが、その最上位が権門といわれる「上皇をふくめての貴族層」や、大寺院・神社が位置する。 1960年代には、義家がその最上位に、権門を押しのけて、あるいは新たな権門として割り込もうとしたかのとうに捉えられていたが、これはたかだか四位の諸大夫・受領層である義家には考えにくい。 福田豊彦は、1974年の「王朝国家をめぐって」（『東国の兵乱ともののふたち』に収録）と言う論文で、「荘園寄進の対象（本家領家）ではなくて、寄進に当たっての媒介の役割を果たした貴族層（預所など）との接点で考える必要がありそうに思います。」と述べている。